COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-20 17:00:00 12.713488 15.653938 15.965756
2021-04-19 17:00:00 17.300673 17.300673 16.168860
2021-04-18 17:00:00 15.612240 15.612240 16.319531
2021-04-17 17:00:00 15.120809 15.120809 16.419040
2021-04-16 17:00:00 15.695637 15.695637 16.542834
2021-04-15 17:00:00 16.880818 16.880818 16.602191
2021-04-14 17:00:00 15.850203 15.850203 16.609156

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-20 17:00:00 11.699931 11.699931 12.014785
2021-04-19 17:00:00 17.604356 6.206014 11.732313
2021-04-18 17:00:00 15.375447 15.375447 12.019145
2021-04-17 17:00:00 11.849901 11.849901 12.264078
2021-04-16 17:00:00 12.899263 12.899263 12.731994
2021-04-15 17:00:00 13.755598 13.755598 13.010925
2021-04-14 17:00:00 14.050027 14.050027 13.034150

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-20 17:00:00 18.527919 18.527919 25.323875
2021-04-19 17:00:00 20.796460 24.649860 24.672298
2021-04-18 17:00:00 25.978648 25.978648 25.179019
2021-04-17 17:00:00 24.215247 30.252101 25.220379
2021-04-16 17:00:00 16.923077 24.159231 25.366999
2021-04-15 17:00:00 27.468354 27.468354 25.528950
2021-04-14 17:00:00 29.551821 29.551821 25.418123

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-20 17:00:00 14.267597 14.267597 15.121799
2021-04-19 17:00:00 10.236220 14.965124 15.652179
2021-04-18 17:00:00 14.858841 14.858841 16.116738
2021-04-17 17:00:00 13.841642 13.841642 16.297342
2021-04-16 17:00:00 15.019077 15.019077 16.426886
2021-04-15 17:00:00 18.082015 18.082015 16.680469
2021-04-14 17:00:00 15.761821 15.761821 16.597865

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-20 17:00:00 15.835671 15.835671 13.779267
2021-04-19 17:00:00 18.620882 18.620882 13.971778
2021-04-18 17:00:00 11.403273 11.403273 13.919656
2021-04-17 17:00:00 12.663830 12.663830 13.916419
2021-04-16 17:00:00 12.057081 12.057081 13.914668
2021-04-15 17:00:00 13.651710 13.651710 13.902346
2021-04-14 17:00:00 14.342216 14.342216 13.846568

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-20 17:00:00 30.069078 30.069078 33.663582
2021-04-19 17:00:00 43.871936 43.871936 33.756459
2021-04-18 17:00:00 36.375618 36.375618 33.841348
2021-04-17 17:00:00 28.271151 28.271151 34.346392
2021-04-16 17:00:00 41.062802 41.062802 34.922738
2021-04-15 17:00:00 38.461538 38.461538 34.627231
2021-04-14 17:00:00 22.641012 22.641012 34.230855

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-20 17:00:00 12.539611 12.539611 10.128773
2021-04-19 17:00:00 7.878788 7.878788 10.297484
2021-04-18 17:00:00 8.738632 8.738632 10.517800
2021-04-17 17:00:00 4.985526 4.985526 10.983696
2021-04-16 17:00:00 9.809810 9.809810 11.296176
2021-04-15 17:00:00 20.506912 20.506912 11.694581
2021-04-14 17:00:00 17.519380 17.519380 12.002970

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-20 17:00:00 4.873428 4.873428 6.285975
2021-04-19 17:00:00 13.331462 5.166975 6.298122
2021-04-18 17:00:00 7.677112 6.057511 6.458955
2021-04-17 17:00:00 7.494833 7.494833 6.563021
2021-04-16 17:00:00 7.830429 7.830429 6.637403
2021-04-15 17:00:00 6.985661 6.985661 6.656709
2021-04-14 17:00:00 6.079779 6.079779 6.635703

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-20 17:00:00 12.559140 12.559140 12.468702
2021-04-19 17:00:00 14.701601 8.801743 12.644089
2021-04-18 17:00:00 15.677966 11.334792 12.895855
2021-04-17 17:00:00 13.986928 13.986928 13.149861
2021-04-16 17:00:00 13.374741 13.374741 13.384151
2021-04-15 17:00:00 14.990792 14.990792 13.530897
2021-04-14 17:00:00 14.817492 14.817492 13.789172

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-20 17:00:00 12.128695 19.533306 23.967040
2021-04-19 17:00:00 12.798425 12.798425 24.515303
2021-04-18 17:00:00 24.613260 24.613260 24.937796
2021-04-17 17:00:00 28.326658 28.326658 25.563366
2021-04-16 17:00:00 28.556326 28.556326 26.175412
2021-04-15 17:00:00 28.024297 28.024297 26.572711
2021-04-14 17:00:00 25.075705 25.075705 27.285248

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-20 17:00:00 11.961451 11.961451 13.437984
2021-04-19 17:00:00 13.550940 13.550940 12.831371
2021-04-18 17:00:00 15.588070 15.588070 12.969149
2021-04-17 17:00:00 13.727858 13.727858 13.121341
2021-04-16 17:00:00 11.989702 11.989702 13.312788
2021-04-15 17:00:00 13.749473 13.749473 13.561431
2021-04-14 17:00:00 15.421776 15.421776 13.406281

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-20 17:00:00 1.162791 1.162791 6.267872
2021-04-19 17:00:00 2.953586 2.953586 6.443894
2021-04-18 17:00:00 6.682578 6.682578 6.482645
2021-04-17 17:00:00 6.483301 6.483301 6.717884
2021-04-16 17:00:00 8.713693 8.713693 6.824805
2021-04-15 17:00:00 8.368794 8.368794 6.695629
2021-04-14 17:00:00 7.154213 7.154213 6.447659

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-20 17:00:00 4.108584 4.108584 4.721188
2021-04-19 17:00:00 3.300330 4.315961 4.718512
2021-04-18 17:00:00 7.385698 7.385698 4.856545
2021-04-17 17:00:00 5.873606 5.873606 4.927041
2021-04-16 17:00:00 3.338762 3.338762 5.083463
2021-04-15 17:00:00 3.186275 3.186275 5.312895
2021-04-14 17:00:00 4.193038 4.193038 5.653817

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-20 17:00:00 28.145695 28.145695 31.193445
2021-04-19 17:00:00 16.455696 4.710145 31.930287
2021-04-18 17:00:00 38.461538 38.461538 33.107457
2021-04-17 17:00:00 29.931973 29.931973 34.094119
2021-04-16 17:00:00 43.150685 43.150685 35.623919
2021-04-15 17:00:00 42.391304 42.391304 37.685781
2021-04-14 17:00:00 44.333333 44.333333 38.788546

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-20 17:00:00 14.785992 14.785992 15.523035
2021-04-19 17:00:00 39.528193 10.903031 15.392193
2021-04-18 17:00:00 26.267926 12.497920 15.949238
2021-04-17 17:00:00 15.130313 15.130313 16.213280
2021-04-16 17:00:00 18.627755 18.627755 16.783411
2021-04-15 17:00:00 20.060308 20.060308 17.309844
2021-04-14 17:00:00 20.478156 20.478156 17.690386

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-20 17:00:00 33.752860 33.752860 36.689956
2021-04-19 17:00:00 16.030744 16.030744 36.795482
2021-04-18 17:00:00 38.633615 38.633615 37.068246
2021-04-17 17:00:00 46.564885 46.564885 37.905250
2021-04-16 17:00:00 39.119369 39.119369 38.139720
2021-04-15 17:00:00 46.489044 46.489044 39.044059
2021-04-14 17:00:00 63.077575 40.286991 38.082714

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-20 17:00:00 8.666453 8.666453 8.999993
2021-04-19 17:00:00 11.086351 9.267304 9.091979
2021-04-18 17:00:00 11.097060 11.097060 9.129764
2021-04-17 17:00:00 8.648649 8.648649 9.213800
2021-04-16 17:00:00 9.510795 9.510795 9.219669
2021-04-15 17:00:00 7.810750 7.810750 9.111345
2021-04-14 17:00:00 11.180401 7.204900 9.107794

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-20 17:00:00 12.440399 12.440399 12.446940
2021-04-19 17:00:00 15.926819 11.041196 12.594658
2021-04-18 17:00:00 11.068944 11.068944 12.783525
2021-04-17 17:00:00 12.284015 12.284015 12.925337
2021-04-16 17:00:00 13.280341 13.280341 13.074632
2021-04-15 17:00:00 14.256219 14.256219 13.164183
2021-04-14 17:00:00 13.317212 13.317212 13.583083

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-20 17:00:00 9.274194 15.178571 13.250864
2021-04-19 17:00:00 18.681851 10.048221 12.984530
2021-04-18 17:00:00 14.499773 14.499773 13.050418
2021-04-17 17:00:00 13.050386 13.050386 13.027902
2021-04-16 17:00:00 13.955846 13.955846 13.071030
2021-04-15 17:00:00 13.238200 13.238200 13.018501
2021-04-14 17:00:00 14.028345 14.028345 12.974417

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-20 17:00:00 11.805556 11.805556 15.671344
2021-04-19 17:00:00 9.333333 16.666667 15.830362
2021-04-18 17:00:00 18.677686 18.677686 16.212517
2021-04-17 17:00:00 13.043478 13.043478 16.534833
2021-04-16 17:00:00 20.121029 20.121029 17.173233
2021-04-15 17:00:00 15.466667 15.466667 17.699240
2021-04-14 17:00:00 20.206490 20.206490 17.933006

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-20 17:00:00 14.893617 14.893617 24.746011
2021-04-19 17:00:00 75.280899 42.696629 25.758861
2021-04-18 17:00:00 16.384181 16.384181 26.141858
2021-04-17 17:00:00 23.750000 23.750000 27.134500
2021-04-16 17:00:00 22.727273 22.727273 27.611278
2021-04-15 17:00:00 35.576923 35.576923 27.516828
2021-04-14 17:00:00 40.268456 40.268456 26.595398

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-20 17:00:00 20.685053 20.685053 21.540249
2021-04-19 17:00:00 21.971706 12.885662 21.806610
2021-04-18 17:00:00 22.743574 22.743574 22.193624
2021-04-17 17:00:00 24.371273 24.371273 22.360680
2021-04-16 17:00:00 22.414646 22.414646 22.969372
2021-04-15 17:00:00 24.954002 24.954002 23.284382
2021-04-14 17:00:00 24.551442 24.551442 23.373398

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 11.699931 11.699931 12.014785
Basilicata 18.527919 18.527919 25.323875
Calabria 14.267597 14.267597 15.121799
Campania 15.835671 15.835671 13.779267
Emilia-Romagna 30.069078 30.069078 33.663582
Friuli Venezia Giulia 12.539611 12.539611 10.128773
Lazio 4.873428 4.873428 6.285975
Liguria 12.559140 12.559140 12.468702
Lombardia 12.128695 19.533306 23.967040
Marche 11.961451 11.961451 13.437984
Molise 1.162791 1.162791 6.267872
P.A. Bolzano 4.108584 4.108584 4.721188
P.A. Trento 28.145695 28.145695 31.193445
Piemonte 14.785992 14.785992 15.523035
Puglia 33.752860 33.752860 36.689956
Sardegna 8.666453 8.666453 8.999993
Sicilia 12.440399 12.440399 12.446940
Toscana 9.274194 15.178571 13.250864
Umbria 11.805556 11.805556 15.671344
Valle d'Aosta 14.893617 14.893617 24.746011
Veneto 20.685053 20.685053 21.540249

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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